发布时间：2025-03-27
蛋白Marker不仅是实验成功的关键要素，更是蛋白质研究中的得力助手。因此，在蛋白质研究中自然少不了用到蛋白Marker，相处过程中就会出现许多令人哭笑不得的问题，比如蛋白显影时有的Marker有条带，有的没有。别担心，本文将为你解析蛋白Marker的常见问题，并提供实用解决方案，助你轻松避开实验中的“坑”！
蛋白Marker的定义
蛋白Marker：即蛋白分子量标准，是一些已知分子量的蛋白质的混合物，像“尺子”一样用来指示蛋白质条带的大小。
为何有时有些条带会消失不见？
或Marker蛋白高分子量跑着跑着不见了？
1. 很有可能是蛋白marker遭到蛋白酶污染而造成降解：可能是跑胶缓冲液遭受蛋白酶（proteinase）污染，或是buffer 重复使用太多次，导致长菌以致于有蛋白酶存在，或是上样时反复使用同一支Tip。
解决办法：
（1）上样时避免反复使用同一支Tip。
（2）内槽使用新鲜配置的跑胶缓冲液。
（3）如前面建议，如果实验室太多人同时使用一管蛋白Marker, 因为每个人的使用习惯无法控制，建议可以先分成小管，就不会一次污染一整管造成浪费。
2、检查所用凝胶的类型/百分比，凝胶浓度过低可能会导致小分子量条带不能很好分散；反之，则可能会导致高分子量条带不好分散。
凝胶电泳体系的影响排查：如需要排查是marker的原因还是电泳体系的影响，建议可以在同一块胶上进行对比测试，在同一块胶上电泳疑似问题产品和正常产品，看条带是否有差异，以排除凝胶电泳系统的影响。
3、检查蛋白质标准品的有效期，过期产品可能出现褪色或缺失条带。
4、检查蛋白质标准品的储存条件，储存条件不当也会影响标准品中蛋白质的稳定性。
5、确保蛋白质标准品在装入凝胶前未加热/煮沸，该款蛋白Marker为即用型，加热/煮沸可能会导致标准品中的蛋白质降解。
6、如遇胶上有、而转膜后消失的话，请检查转膜后滤纸上是否有相应marker条带并调整转印条件。
蛋白Marker的选择
首先明确自己实验目的，如果只需要电泳后观察蛋白条带大小，可以用非预染蛋白Marker，条带大小准确，但是电泳后将分离胶进行考马斯亮蓝染色，才能看到指示条带。如果做WB实验，可以选择预染蛋白Marker，这样可以实时观察到电泳、转膜情况。
1、分子量范围：
蛋白Marker又分为高分子量、低分子量、宽分子量几类。检测大分子量蛋白经常使用到高分子量范围Marker，检测小蛋白甚至是一些多肽常会用到小分子量范围Marker。如果从整个实验室考虑，选宽分子量、条带分布比较均匀的Marker，这样你的蛋白无论在哪个区间都容易判断。
2、条带准确性：
可以用非预染蛋白Marker作为参考、校准。
3、稳定性：
偶联的染料是否容易脱落，使条带颜色变浅，Marker是否容易降解。
4、与膜的亲和性：
转到膜上因为要多次洗膜，长时间孵育，所以Marker蛋白与膜的亲和性也十分重要。
电泳过程中Marker条带异常
1、大条带消失：
Marker条带跑不出或者大条带消失原因一种是Marker本身降解，一种是电泳过程中降解。如果本身降解，电泳一开始应该就是模糊或者条带缺失的。如果是电泳过程中降解，是刚开始有，跑着跑着大条带消失。电泳过程降解，多是因为外槽电泳液加的非常满，和内槽液直接连通，导致短路，或者电极老化短路导致。
2、小条带弥散或者消失：
可能是电泳液中不含SDS或者SDS含量低于正常用量。
显影时Marker爆出条带
蛋白Marker每一个条带是单一纯化的蛋白，相对于目的蛋白其在膜上含量很高，所以如果抗体浓度以及抗体孵育的时间不合适，容易发生Marker蛋白和抗体非特异性结合，从而爆出条带。可以降低抗体浓度或者减少孵育时间，以及减少Marker上样量来优化。
